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Artículos y Referencias

Abajo hay los artículos que deben ser leídos para el curso, y muchas referencias adicionales.
En la página Programa se indica cuales artículos se tiene que leer para cual día del curso.


Capítulos 1 a 4 del libro Coalescent Theory de John Wakeley (2006) son disponibles ahora en el sitio web de la editorial).

BIOLOGÍA MOLECULAR Y EVOLUTIVA DE LA MITOCHONDRIA

Ballard and Whitlock (2004)
"The incomplete natural history of mitochondria." Molecular Ecology 13: 729-744.
(Es importante prestar atención a las suposiciones sobre las que se basan los estudios que usan ADN mitocondrial.)

TEORÍA DE LA GENÉTICA POBLACIONAL

Fay y Wu (1999)
"A human population bottleneck can account for the discordance between patterns of mitochondrial versus nuclear DNA variation." Molecular Biology and Evolution 16(7): 1003-1005.
(El efecto de un cuello de botella depende la duración, la magnitud, y que tan reciente ocurrió.)

Fu y Li (1993)
"Statistical tests of neutrality of mutations." Genetics 133: 693-709.
(Como Tajima (1989) pero se quiere distinguir mutaciones viejas y jovenes.)

Fu (1996)
"New statistical tests of neutrality for DNA samples from a population." Genetics 143: 557-570.
(Mas pruebas estatísticas del modelo neutral normal.)

Fu (1997)
"Statistical tests of neutrality of mutations agains population growth, hitchhiking and background selection." Genetics 147: 915-925.
(Usando modelos 'nulos' mas complicados, Fu inventa la prueba "Fs".)

Rogers y Harpending (1992)
"Population growth makes waves in the distribution of pairwise genetic differences." MBE 9(3): 552-569.
(Usando la distribución de diferencias en secuencias de ADN para inferir cambios históricos en el tamaño de poblaciones.)

Ramos-Onsins y Rozas (2002)
"Statistical properties of new neutrality tests against population growth." MBE 19(12): 2092-2100.
(Proponen una estadística nueva, 'R2,' como el 'Fs' de Fu.)

Hudson (1990)
"Gene genealogies and the coalescent process." Oxford Surveys in Evolutionary Biology 7: 1-44.
( Una referencia clásica sobre la coalescencia, pero más difícil de leer que los capítulos de Wakeley.)

Hudson (2002)
"Generating samples under a Wright-Fisher neutral model of genetic variation." Bioinformatics 18: 337-338.
( La referencia nueva para el programa clássico ms de Dick Hudson para simulaciones coalesencias.)

Rosenberg y Nordborg (2003)
"Genealogical trees, coalescent theory and the analysis of genetic polymorphisms." Nature Reviews Genetics 3: 480-390.
( Una reseña reciente y excelente sobre la coalescencia por dos expertos.)

ESTRUCTURA GENÉTICA Y DEMOGRAFÍA HISTÓRICA: TEORÍA

Slatkin (1993)
"Isolation by distance in equilibrium and non-equilibrium populations." Evolution 47: 264-279.
(Sobre tiempos de coalescencia, FST, y estructura genética en una población bajo de varios modelos.)

Charlesworth (1998)
"Measures of divergence between populations and the effect of forces that reduce variability." MBE 15(5): 538-543.
( Si alguna fuerza evolutiva reduzca la variabilidad genética dentro de una población, nuestra estimación de FST suba.)

Whitlock & McCauley (1999)
"Indirect measures of gene flow and migration: FST ≠ 1/(4Nm+1)." Heredity 82: 117-125.
(FST es solo una proporción, pero la inferencia de Nm depende de varias suposiciones. )

Edwards y Beerli (2000)
"Perspective: gene divergence, population divergence, and the variance in coalescence time in phylogeographic studies." Evolution 54: 1839-1854.
(Nos indica que la aproximación de Nei y Li (1979) no sería tan mal.)

Przeworski et al. (2000)
"Adjusting the focus on human variation." Trends in Genetics 16(7): 296-302.
(Una reseña (hace 6 años) sobre los conceptos y datos de la variabilidad genética en el serhumano.)

Nielsen y Wakeley (2001)
"Distinguishing migration from isolation: a Markov chain Monte Carlo Approach." Genetics 158: 885-896.
(Estimando un modelo demográfico de aislamiento con migración asimétrica [con 6 parámetros])

Hey y Machado (2003)
"The study of structured populations -- new hope for a difficult and divided science." Nature Reviews Genetics 4: 535-543.
(El segundo autor es un exalumno de la Universidad Nacional, Bogotá, si no me equivoco!)

ESTRUCTURA GENÉTICA Y DEMOGRAFÍA HISTÓRICA: EJEMPLOS

Kliman y Hey (1993)
"DNA sequence variation at the period locus within and among species of the Drosophila melanogaster complex." Genetics 133: 375-387.
(Un clásico de la literatura en el estudio de la historia demográfica .)

Hey y Kliman (1993)
"Population genetics and phylogenetics of DNA sequence variation at multiple loci within the Drosophila melanogaster species complex." MBE 10(4): 804-822.
(El clásico de la literatura en el estudio de la historia demográfica con genes múltiples.)

Hare et al. (2002)
"Genetic evidence on the demography of speciation in allopatric dolphin species." Evolution 56(4): 804-816.
(Estimando la historia de dos especies hermanas de delfines con 4 genes nucleares.)

Crawford (2003)
"Huge populations and old species of Costa Rican and Panamanian dirt frogs inferred from mitochondrial and nuclear gene sequences." Molecular Ecology 12: 2525-2540.
(Estimando el tamaño génico 'efectivo' (Ne) con un gen nuclear y los tiempos de divergencia con un gen mitochondrial.)

Jennings & Edwards (2005)
"Speciational history of Australian grass finches (Poephila) inferred from thirty gene trees." Evolution 59: 2033-2047.
(Presentan 30 genes pero de solo un pájaro de cada población para estimar el tamaño de las poblaciones ancestrales.)

Hey (2005)
"On the number of New World founders: a population genetic portrait of the peopling of the Americas." PLoS Biology 3(6): e193.
(Datos de 9 genes de serhumanos con un muestreo raro. Conclusión: menos de 80 fundadores?!)

REDES DE HAPLOTIPOS

Posada & Crandall (2001)
"Intraspecific gene genealogies: trees grafting into networks." Trends in Ecology and Evolution 16: 37-45.
(Genealogías intrapoblacionales y intraespecificas muchas veces no pueden ser representadas por un árbol filogenético. )

FILOGENÉTICA

Huelsenbeck y Crandall (1997)
"Phylogeny estimation and hypothesis testing using maximum likelihood." Annual Review of Ecology and Systematics 28: 437-466.
( Introdución a los métodos de versimílitud máxima en la filogenética.)

Foster (2001)
"The Idiot's Guide to the Zen of Likelihood in a Nutshell in Seven Days for Dummies, Unleashed." Department of Zoology, The Natural History Museum, London, England.
( Una introduccion a como se calcula el valor de la versimílitud máxima para un arbol filogenético.)

Holder y Lewis (2003)
"Phylogeny estimation: traditional and Bayesian approaches." Nature Reviews Genetics 4: 275-284.
( Bayesiana y versimílitud máxima: la misma criteria, objectivos diferentes.)

Mossel y Vigoda (2005)
"Phylogenetic MCMC algorithms are misleading on mixtures of trees." Science 309: 2207-2209.
( El peligro de combinar genes con historias diferentes en un solo análisis Markov chain Monte Carlo Bayesiano.)

Pauly et al. (2004)
"The history of a nearctic colonization: molecular phylogenetics and biogeography of the nearctic toads (Bufo)." Evolution 58: 2517-2535.
( Este artículo es más filogenético que filogeográfico, pero se usan la prueba SOWH de topología.)

Collin (2003)
"Phylogenetic relationships among calyptraeid gastropods and their implications for the biogeography of marine speciation ." Systematic Biology 52(5): 618-640. (DOI: 10.1080/10635150390235430)
(Un buen ejemplo de filogenética al servicio de biogeografía en el reino marino.)

EVOLUCIÓN MOLECULAR

Drake, B. Charlesworth, D. Charlesworth, y Crow (1998)
"Rates of spontaneous mutation." Genetics 148: 1667-1686.
( Una reseña clásica por los maestros de genética evolutiva.)

Martin & Palumbi (1993)
"Body size, metabolic rate, generation time, and the molecular clock." Proceedings of th National Academy of Sciences USA 90: 4087-4091.
( Un artículo clásico, citado frecuentamente, pero tiene defectos.)

Crawford (2003)
"Relative rates of nucleotide substitution in frogs." Journal of Molecular Evolution 57: 636-641.
(Se debería repetir este tipo de análisis en más grupos taxonómicos y con genes nucleares más largas.)

RELOJES MOLECULARES, STRICTOS Y RELAJADOS

Bromham y Penny (2003)
"The modern molecular clock." Nature Reviews Genetics 4: 216-224.
( Una reseña excelente sobre la estimación de los tiempos de divergencia.)

Fleischer et al. (1998)
"Evolution on a volcanic conveyor belt: using phylogeographic reconstructions and K-Ar-based ages of the Hawaiian Islands to estimate molecular evolutionary rates." Molecular Ecology 7: 533-545.
( Un ejemplo excelente de la estimación de los tiempos de divergencia, con una lista completa de los supuestos.)

Thorne y Kishino (2002)
"Divergence time and evolutionary rate estimation with multilocus data." Systematic Biology 51(5): 689-702.
( Estimación de tiempos de divergencia sin reloj molecular.)

Weigt et al. (2005)
"Biogeography of the túngara frog, Physalaemus pustulosus: a molecular perspective." Molecular Ecology 14: 3857-3876.
( Un ejemplo del uso de los métodos Bayesianos de Thorne-Kishino-Painter para estimar tiempos de divergencia.)

Arbogast et al. (2002)
"Estimating divergence times from molecular data on phylogenetic and population genetic timescales." Annual Review of Ecology and Systematics 33: 707-740.
( Una reseña que combina las dos perspectivas, filogenética y genética de poblaciones, sobre la estimación de tiempos de divergencia.)

FILOGEOGRAFÍA STRICTA

Lanteri y Confalonieri (2003)
"FIlogeografía: objectivos, métodos y ejemplos," en Morrone JJ y Llorente Bousquets J (eds.) Una Perspectiva Latinoamericana de la Biogeografía. Las Presas de Ciencias, UNAM, México, D.F.
( Un repaso breve pero con una vista ancha sobre filogeografía. ¡En Castellano!. [PDF hecho por AJC y es un poco feo. Tamaño = 1.4MB]. )

Avise et al. (1987)
"Intraspecific phylogeography: the mitochondrial DNA bridge between population genetics and systematics." Annual Review of Ecology and Systematics 18: 489-522.
( El repaso que presentó al mundo la palabra 'filogeografía.' [tamaño del PDF = 1.5 MB])

Hare (2001)
"Prospects for nuclear gene phylogeography." TREE 16(12): 700-706.
( ¿Estamos hablando de filogeografía o genética de poblaciones, y cual es la diferencia?.)

ANÁLISIS DE CLADOS FILOGEOGRÁFICOS ANIDADOS (NCPA)

Templeton (1998)
"Nested clade analyses of phylogeographic data: testing hypotheses about gene flow and population history." Molecular Ecology 7: 381-397.
( Un repaso sobre análisis cladístico anidado (NCA).)

Knowles y Maddision (2002)
"Statistical phylogeography." Molecular Ecology 11: 2623-2635.
( Criticando el método de Análisis Cladístico (Filogeográfico) Anidado (“NCPA”) )

Zamudio y Savage (2003)
"Historical isolation, range expansion, and secondary contact of two highly divergent mitochondrial lineages in spotted salamanders (Ambystoma maculatum)." Evolution 57(7): 1631-1652.
( Un buen ejemplo de NCPA, con muchisimos haplotipos y redes, aplicado a salamandras del oriente de los E.U.)

FILOGEOGRAFÍA COMPARATIVA

Bermingham y Martin (1998)
"Comparative mtDNA phylogeography of neotropical freshwater fishes: testing shared history to infer the evolutionary landscape of lower Central America." Molecular Ecology 7: 499-517.
(Filogeografía comparativa de la colonización de América Central por peces de América Sur.)

Sullivan et al. (2000)
"Comparative phylogeography of Mesoamerican highland rodents: concerted versus independent response to past climate fluctuations." American Naturalist 155: 755-768.
(Filogeografía compartiva de dos lineages de ratones mexicanos de las montañas.)

Hoffmann y Baker (2003)
"Comparative phylogeography of short-tailed bats (Carollia: Phyllostomidae)." Molecular Ecology 12: 3403-3414.
(Otra vez, faltan muestras colombianas!)

Dick et al. (2005)
"Long-distance gene flow and cross-Andean dispersal of lowland rainforest bees (Apidae: Euglossini) revealed by comparative mitochondrial DNA phylogeography." Molecular Ecology 13: 3775-3785.
(¿Puede creer eso: otro estudio en que faltan muestras colombianas!)

Campbell et al. (2006)
"Comparative population structure of Cynopterus fruit bats in peninsular Malaysia and southern Thailand." Molecular Ecology 15: 29-47.
(Comparando 2 especialistas vs. 2 generalistas, selectividad no explica niveles de estructura poblacional.)

Ricklefs y Bermingham (2001)
"Nonequilibrium diversity dynamics of the Lesser Antillean avifauna." Science 294: 1522-1524.
(Also available: supplemental materials, a News&Views piece, and a critizism + response.)

FILOGEOGRAFÍA Y EL ORIGIN DE DIVERSIDAD TROPICAL

Moritz et al. (2000)
"Diversification of rainforest faunas: An integrated molecular approach." Annual Reviews of Ecology and Systematics 31: 533-563.
(Un repaso de teorias de mecanismos de diversificación, con un sobre-enfásis en la teoria de gradientes ambientales.)

Lessa et al. (2003)
"Genetic footprints of demographic expansion in North America, but not Amazonia, during the Late Quaternary." Proceeding of the National Academy of Sciences (Gringolandia) 100(18): 10331-10334.
(Historia filogeográfica fue diferente en los Tropicos a la de la zona temporada.)

FILOGENIA, RANGOS DE DISTRIBUCIÓN, Y LA GEOGRAFÍA DE ESPECIACIÓN

Barraclough y Vogler (2000)
"Detecting the geographical pattern of speciation from species-level phylogenies." The American Naturalist 155: 419-434.
(Buscando evidencia de especiación en simpatía vs. en alopatría.)

Losos y Glor (2003)
"Phylogenetic comparative methods and the geography of speciation." TREE 18(5): 220-8227.
(Criticando el método de Barraclough y Vogler (2000) y otros.)

Fitzpatrick & Turelli (2006)
"The geography of mammalian speciation: mixed signals from phylogenies and range maps." Evolution 60(3): 601-615.
(Actualizando el método de Barraclough y Vogler (2000) y otros.)

FILOGEOGRAFÍA Y VARIACIÓN GENÉTICA ADAPTIVA

Velez & Feder (2006)
"Integrating biogeographic and genetic approaches to investigating the history of bioluminescent colour alleles in the Jamaican click beetle, Pyrophorus plagiophthalamus." Molecular Ecology 15: 1393-1404.
(Comparando la filogeografía con la variación molecular en un gen que controla un fenotipo importante.)

OTROS EJEMPLOS EMPÍRICOS DE ESTUDIOS FILOGEOGRÁFICOS BUENOS, RECIENTES, O DIFERENTES

Cheviron et al. (2005)
"Complex evolutionary history of a Neotropical lowland forest bird (Lepidothrix coronata) and its implications for historical hypotheses of the origin of Neotropical avian diversity." MPE xxx: xxxx-xxxx.
(¡Faltan muestras colombianas!)

Wüster et al. (2005)
"Tracing an invasion: landbridges, refugia, and the phylogeography of the Neotropical rattlesnake (Serpentes: Viperidae: Crotalus durissus)." Molecular Ecology xxx: xxxx-xxxx.
(¡Otra otra vez, faltan muestras colombianas!)

Hickerson y Cunningham (2005)
"Contrasting quarternary histories in an ecologically divergent sister pair of low-dispersing intertidal fish (Xiphister revealed by multilocus DNA analysis." Evolution 59(2): 344-360.
(Un buen ejemplo del futuro de estudios filogeográficos! )

Mirabello y Conn (2006)
"Molecular population genetics of the malaria vector Anopheles darlingi in Central and South America." Heredity 96, 311-321.
(Filogeografía y demografía histórica del mosquito que es el vector de malaria! )

Signorovitch et al. (2006)
"Caribbean Placozoan Phylogeography." Biological Bulletin 211, 149-156.
(Algunos haplotipos mitocondriales de estos 'placozoans' tienen una distribución mundial! )

Lessios y Robertson (2006)
"Crossing the impassable: genetic connections in 20 reef fishes across the eastern Pacific barrier." Proceedings of the Royal Socieity of London series B doi:10.1098/rspb.2006.3543
(Presentan análisis de IM and redes de haplotipos. )

TAXONOMÍA Y "BARCODE-IANDO" LA VIDA DE NUESTRA PLANETA

Blaxter (2004)
"The promise of a DNA taxonomy." Philosophical Transactions of the Royal Society of London, series B xxx: xxxx-xxxx.
(Si es una idea buena o mala depende lo que se quiere hacer con eso.)

DeSalle et al. (2005)
"The unholy trinity: taxonomy, species delimitation and DNA barcoding." Philosophical Transactions of the Royal Society of London, series B 360: 1905-1916.
(Los autores del AMNH explican las controversias y tratan de resolverlas.)

Meyer y Paulay (2005)
"DNA barcoding: error rates based on comprehensive sampling." PLoS 3(12): e422.
(Para indentificar especies por códigos de barra, no se debería usar un 'threshold' en grupos taxonómicos poco conocidos.)

Barber y Boyce (2006)
"Estimating diversity of Indo-Pacific coral reef stomatopods through DNA barcoding of stomatopod larvae." Proceedings of the Royal Society of London series B doi:10.1098/rspb.2006.3540
(Comparando adultos, larvas, y espécimenes del museo. Conclusión lógica: se necesita la taxonomía tradicional para apoyar un programa de barcoding!)

CONSERVACIÓN

Moritz (1994)
"Defining 'Evolutionary Significant Units' for conservation." Trends in Ecology and Evolution 9(10): 373-375.
(Un concepto interesante pero sirve?)

Paetkau (1999)
"Using genetics to identify intraspecific conservation units: a critique of current methods." Conservation Biology 13(6): 1507-1509.
(Sobre los limites del concepto y aplicación de los 'ESU's)

DeSalle y Amato (2004)
"The expansion of conservation genetics." Nature Reviews Genetics 5: 702-712.
(Un bueno y actualizado repaso sobre varios aspectos de la genética de conservación. )

INFORMÁTICA Y BIODIVERSIDAD

Soberón y Peterson (2004)
"Biodiversity informatics: managing and applying primary biodiversity data." Philosophical Transactions of the Royal Society of London, series B 359: 689-698.
(Investigaciones básicas en las ciencias de biodiversidad todavía no han llegado al siglo XXI.)

Graham et al (2004a)
"New developments in museum-based informatics and applications in biodiversity analysis." Trends in Ecology and Evolution 19(9): 497-503.
(Una introducción a los temas importantes en la colecta, manejo, y análisis de datos de biodiversidad.)

SIG (GIS) Y FILOGEOGRAFÍA

Graham et al (2004b)
"Integrating phylogenetics and environmental niche models to explore speciation mechanisms in dendrobatid frogs." Evolution 58(8): 1781-1793.
(Una combinación creativa de SIG y la filogenética.)

OTRAS TEMAS RELACIONADAS A LA FILOGEOGRAFÍA

Nordborg et al. (2005)
"The pattern of polymorphism in Arabidopsis thaliana." PLoS Biology 3(7): e196.
(Un estudio de selección natural y estructura genética poblacional a la escala genómica.)

Brumfield et al. (2003)
"The utility of single nucleotide polymorphisms in inferences of population history." TREE 18(5): 249-256.
(Un artículo/reseña. SNP's no valen la pena ni la plata si no se ha hecho antes otros estudios de la estructura genética en su grupo de estudio.)



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