Programa detallado del curso de
Filogeografía: genética evolutiva espacial
La lectura obligatoria para cada día ("leer") será un artículo sobre un estudio empírico basado en datos nuevos. Además, para cada día les ofrecimos a los alumnos uno o más artículos adicionales ("discrecional"), cuales son repasos o 'reviews' relacionado al Tema de la charla del día. Cada laboratorio de sistemas ("lab") destacará y enfatizará el Tema del día, también.
primer día: lunes, 11 de diciembre
Introducción a la filogeografía: los motivos, conceptos, ejemplos, y el futuro. (Bermingham)
leer:
Ricklefs y Bermingham (2001), más su
supplemental material.
discrecional:
Avise et al. (1987), el olvidado clásico!
lab 1: Buscando datos publicados y públicos en GenBank (aves del Caribe), y la organización,
alineamiento y visualización de sus secuencias de ADN con ClustalX, BioEdit y MEGA.
Día 2: martes, 12 de diciembre
Geografía y el orígin de poblaciones y especies: patrones y hipótesis. (Crawford y Lessios)
leer:
Lessa et al. (2003)
discrecional:
Moritz et al. (2000).
lab 2: Estadística descriptiva y puebas del modelo neutral: dnaSP.
Día 3: miercoles, 13 de diciembre
La coalescencia: la teoría de una población neutral y la demografía histórica. (Lessios y Crawford)
leer:
Lessios y Robertson (2006) (reino marino).
discrecional:
Hey y Machado (2003); Wakeley (2006) Chapter 1;
Rosenberg y Nordborg (2003).
lab 3: Genética de poblaciones: la evaluación del modelo de aislamiento y migración con IM.
Día 4: jueves, 14 de diciembre
Estructura de poblaciones: FST y Análisis Filogeográfico de Clados Anidados
(NCPA). (Espinosa López y Crawford)
leer:
Zamudio y Savage (2003).
discrecional:
Knowles y Maddision (2002);
Whitlock y McCauley (1999).
lab 4: FST con dnaSP y un red de haplotipos con TCS y Network, y el
NCPA. (Los resultados con GeoDis serán proporcionado por los profesores.)
Día 5: viernes, 15 de diciembre
Métodos filogenéticos (Crawford)
leer:
Collin (2003).
discrecional:
Holder y Lewis (2003); Foster (2001).
lab 5: Introducción a PAUP*, Modeltest, y la prueba de la proporción
en versimílitud (LRT).
Día 6: sábado, 16 de diciembre
Evolución molecular y tiempos de divergencia (Crawford)
leer:
Weigt et al. (2005).
discrecional:
Bromham y Penny (2003); Arbogast et al. (2002).
lab 6: PAUP* II: Más filogenética, una prueba de topología (SH Test), y
la estimación de tiempos de divergencia 'a mano', con MEGA, y con NPRS en TreeEdit.
último día: domingo, 17 de diciembre
Códigos de barra y la conservación biológica. (Venegas y Crawford)
leer:
Barber y Boyce (2006).
discrecional:
DeSalle y Amato (2004);
DeSalle et al. (2005).
lab 7: Presentaciones por los alumnos de sus propuestas para un estudio filogeogáfico.