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Programa detallado del curso de
Filogeografía: genética evolutiva espacial

La lectura obligatoria para cada día ("leer") será un artículo sobre un estudio empírico basado en datos nuevos. Además, para cada día les ofrecimos a los alumnos uno o más artículos adicionales ("discrecional"), cuales son repasos o 'reviews' relacionado al Tema de la charla del día. Cada laboratorio de sistemas ("lab") destacará y enfatizará el Tema del día, también.

primer día: lunes, 11 de diciembre

Introducción a la filogeografía: los motivos, conceptos, ejemplos, y el futuro. (Bermingham)
leer: Ricklefs y Bermingham (2001), más su supplemental material.
discrecional: Avise et al. (1987), el olvidado clásico!
lab 1: Buscando datos publicados y públicos en GenBank (aves del Caribe), y la organización, alineamiento y visualización de sus secuencias de ADN con ClustalX, BioEdit y MEGA.

Día 2: martes, 12 de diciembre

Geografía y el orígin de poblaciones y especies: patrones y hipótesis. (Crawford y Lessios)
leer: Lessa et al. (2003)
discrecional: Moritz et al. (2000).
lab 2: Estadística descriptiva y puebas del modelo neutral: dnaSP.

Día 3: miercoles, 13 de diciembre

La coalescencia: la teoría de una población neutral y la demografía histórica. (Lessios y Crawford)
leer: Lessios y Robertson (2006) (reino marino).
discrecional: Hey y Machado (2003); Wakeley (2006) Chapter 1; Rosenberg y Nordborg (2003).
lab 3: Genética de poblaciones: la evaluación del modelo de aislamiento y migración con IM.

Día 4: jueves, 14 de diciembre

Estructura de poblaciones: FST y Análisis Filogeográfico de Clados Anidados (NCPA). (Espinosa López y Crawford)
leer: Zamudio y Savage (2003).
discrecional: Knowles y Maddision (2002); Whitlock y McCauley (1999).
lab 4: FST con dnaSP y un red de haplotipos con TCS y Network, y el NCPA. (Los resultados con GeoDis serán proporcionado por los profesores.)

Día 5: viernes, 15 de diciembre

Métodos filogenéticos (Crawford)
leer: Collin (2003).
discrecional: Holder y Lewis (2003); Foster (2001).
lab 5: Introducción a PAUP*, Modeltest, y la prueba de la proporción en versimílitud (LRT).

Día 6: sábado, 16 de diciembre

Evolución molecular y tiempos de divergencia (Crawford)
leer: Weigt et al. (2005).
discrecional: Bromham y Penny (2003); Arbogast et al. (2002).
lab 6: PAUP* II: Más filogenética, una prueba de topología (SH Test), y la estimación de tiempos de divergencia 'a mano', con MEGA, y con NPRS en TreeEdit.

último día: domingo, 17 de diciembre

Códigos de barra y la conservación biológica. (Venegas y Crawford)
leer: Barber y Boyce (2006).
discrecional: DeSalle y Amato (2004); DeSalle et al. (2005).
lab 7: Presentaciones por los alumnos de sus propuestas para un estudio filogeogáfico.